哈尔滨工程大学计算机科学与技术学院始建于1953年创办的中国人民解放军军事工程学院（简称“哈军工”）射击指挥仪本科专业，1961年学校设立军用电子计算机硕士点，是我国最早创建计算机学科和专业的单位之一。 1970年“哈军工”改建后，组建哈尔滨船舶工程学院（简称“哈船院”）的计算机专业。2001年正式成立哈尔滨工程大学计算机科学与技术学院。目前，学院拥有计算机科学与技术和软件工程一级学科博士点，计算机科学与技术博士后流动站，网络安全技术与工程目录外二级学科和电子信息工程硕士领域。在2017年教育部第四轮学科评估中，计算机科学与技术一级学科被评为B+，位于全国前20%；软件工程一级学科被评为B，位于全国前30%。学院设有计算机科学与技术、信息安全、软件工程3个本科专业，全部通过工程教育专业认证并入选“双万计划”一流专业建设行列。

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