CCF@U1064：CCF生物信息学专委走进西安理工大学

CCF走进高校第1064场

敬请关注

由中国计算机学会（CCF）主办，CCF生物信息学专委、西安理工大学、CCF西安、CCF西安理工大学学生分会承办的CCF走进高校活动，将于2024年4月26日在西安理工大学金花校区召开，敬请关注。

活动时间：2024年4月26日（星期五）9:00-11:00

活动地点：西安理工大学金花校区学科2号楼报告厅

活动日程：

9:00-9:10 签到

9:10-9:20 致辞

9:20-10:50

特邀讲者：朱大铭，山东大学教授

演讲题目：侧翼重复的基因组重排序：问题与算法

10:50-10:20

特邀讲者：张法 ，北京理工大学教授

演讲题目：基于人工智能的生物大分子冷冻电镜数据处理技术

10:20-10:50

特邀讲者：崔学峰，山东大学教授

演讲题目：通过交叉注意力和中心性嵌入促进基于深度学习的对接

报告信息：

报告题目：侧翼重复的基因组重排序：问题与算法

报告摘要：近年来的基因组数据分析研究，揭示出一个值得注意的基因组重排变异(Reversal/Transposition)的统计现象：参与重排变异的基因组序列片段的侧翼总是存在重复片段，侧翼重复片段在基因组结构变异前后并不发生改变。将这一现象引入基因组重排序问题，计算结果能更准确地反映基因组的结构性差异，有利于解析生命分子的代谢原理。此次报告将介绍团队提出的基因组侧翼重复翻转和快交换距离问题，以及解答问题的算法，和关于问题计算复杂性的结果。

嘉宾简介：

朱大铭，山东大学计算机科学与技术学院教授，计算机学会高级会员，生物信息学专业委员会委员，理论计算机专业委员会委员。长期从事生物信息学组合问题算法与计算复杂性研究。曾承担国家自然科学基金重点项目、面上项目等项目10余项，发表学术论文150余篇。曾获山东省自然科学二、三等奖各一次，教育部科技进步奖三等奖一次。关于基因组重排序（Rearrangement）问题算法与计算复杂性的研究成果，受到国内外同行的关注与好评。给出的排列树数据结构，多次直接被他人用于基因组重排序算法设计。

报告题目：基于人工智能的生物大分子冷冻电镜数据处理技术

报告摘要：生物大分子三维结构的高分辨率解析，是生命科学中最具有挑战性的前沿核心问题。当前冷冻电镜三维重构技术已成为当前解析生物大分子三维结构的第一选择。然而，冷冻电镜数据存在高噪声、信息缺失、处理流程复杂等特征，随着数据规模和尺度的持续增大，冷冻电镜数据的高效处理已成为当前结构生物学和计算机科学具有挑战性的难点问题之一。本报告将从计算的角度介绍冷冻电镜三维重构存在的挑战性问题，并着重介绍团队在冷冻电镜数据处理方面的最新研究成果。

嘉宾简介：

张法，北京理工大学长聘教授，中科院计算所客座研究员，博士生导师。现任IEEE 计算生命科学专委会 (TCCLS)主席，CCF生物信息学专委会副主任。主要从事生物信息学、多模态生物医学数据处理等方面的研究：研发了国内首款冷冻电镜三维重构软件-AuTOM，解析了多个生物大分子高分辨结构；开发了系列医学病理图像分类分级AI处理技术，相关研究成果已在多家医院应用。作为项目负责人和主要参与人承担了多项科技部重点研发专项、国家自然科学基金重点、国际合作重大等项目。在Cell Research、Natural Communication、Sciences Advances、Genome Biology等国际期刊和ICCV、ISMB、MICCAI等顶级国际会议发表论文160余篇，获得MICCAI 2022 Best Paper。

报告题目：通过交叉注意力和中心性嵌入促进基于深度学习的对接

报告摘要：对接是一个经典的计算生物学问题，广泛用于预测结合构象和虚拟筛选结合分子。本次报告将介绍崔老师团队最新提出用于蛋白质-配体结合构象预测的几何深度学习模型caDeepDock。该模型具有两方面优势。首先，采用交叉注意力实现了分子和蛋白质结合口袋之间的通信。其次，模型使用了基于节点度的位置嵌入来合并数据相关和位置相关通信。CASF-2016基准测试的实验表明，caDeepDock学习的势函数能够选择接近原生的构象（使用RMSD⩽2Å）来自一组诱饵构象，成功率为91.6%。该成功率不仅比DeepDock模型高出4.6%，而且比AutoDock模型高出1.4%。因此，在构象优化实验中，caDeepDock模型学习的势函数产生了5.96%的近天然构象。

嘉宾简介：

崔学峰，山东大学教授，CCF生物信息学专业委员会秘书长。在加拿大滑铁卢大学获博士学位后，先后在沙特阿拉伯阿卜杜拉国王科技大学担任博士后研究员，清华大学交叉信息研究院担任Tenure-Track助理教授，现为山东大学计算机科学与技术学院教授、博士生导师，主要研究方向为机器学习、并行算法、生物信息学，相关研究工作多次发表在Nucleic Acid Research、Bioinformatics 、Genome Medicine、ACS Synthetic Biology等国际知名学术期刊和ISMB等生物信息学顶会。

西安理工大学简介：

西安理工大学是国家“中西部高等教育振兴计划”入选高校，工信部与陕西省共建高校，陕西省重点建设的高水平大学，陕西省“国内一流大学建设高校”。学校是我国水利水电、装备制造行业高级专门人才的重要培养基地和科研中心之一。学校建有金花、曲江、莲湖3个校区和1个大学科技园。有普通全日制本科生18000余名，博士、硕士研究生10100余名。有教职工2650人，其中高级职称1009人。现设17个学院和1个教学部，设68个本科专业，其中32个专业入选国家一流本科专业建设点。现有15个博士学位授权一级学科，2个博士专业学位授权点，27个硕士学位授权一级学科，13个硕士专业学位授权点，分属工学、理学、管理学、经济学、法学、文学、农学、艺术学等8个学科门类，形成了以工为主、多学科协调发展的学科布局。工程学、材料科学、环境/生态学、计算机科学、化学、农业科学等学科位列ESI全球学科排名前1%。

计算机科学与工程学院

计算机科学与工程学院下设计算机科学与技术系、网络工程系、软件工程系和物联网工程系四个教学单位，设有计算机科学与技术、网络工程、软件工程、物联网工程及人工智能五个本科专业。其中，计算机科学与技术专业与软件工程专业先后获批国家级一流本科专业建设点，网络工程与物联网工程专业获批“陕西省一流专业”。学院具有计算机科学与技术一级博士学位授予权，软件工程一级硕士学位授予权和电子信息领域专业硕士学位。近三年，计算机科学与技术学科软科排名位列全国前30%。2022年，计算机科学学科进入ESI全球排名前1%。

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